Česká limnologická společnost je pokračováním Československé limnologické společnosti, která vznikla v r. 1966. Navazovala na aktivity tzv. Hydrobiologické komise při Československé akademii věd, která se od r. 1951 snažila koordinovat a rozvíjet spolupráci mezi pracovníky a institucemi základního i aplikovaného výzkumu v oblasti vody a vodního hospodářství.
V oboru hydrobiologie se od převažujících směrů taxonomie, faunistiky a rybářství od šedesátých let vývoj ubíral ve směru kvantifikace organismů, stanovení jejich aktivity a stále více se orientoval na řešení dynamiky procesů ve vodách (interakce mezi abiotickými faktory a biologickými procesy, otázky produkce vodních biocenóz atd.) Tento vývoj a vztah k mezinárodní organizaci limnologů vedl zákonitě rovněž k rozšíření záběru původní hydrobiologické orientace a v r. 1966 tak byla založena také v Československu limnologická společnost.
Uvedený vývoj se také projevil na skladbě členské základny, kdy seznam pracovníků aktivně působících v hydrobiologii a “příbuzných oborech” obsahoval 169 jmen, zatímco první seznam členů Československé limnologické společnosti při ČSAV jich zahrnoval již 230. Při tom pouze 99 pracovníků bylo uvedeno v obou seznamech. V sedmdesátých a osmdesátých letech se počet členů pohyboval okolo 250.
Rozdělení Československa se v roce 1994 projevilo rovněž v rozdělení Československé limnologické společnosti na Českou limnologickou společnost a Slovenskou limnologickou spoločnosť. Úzká spolupráce však pokračuje i nadále a také pravidelné konference pořádané ve tříletých intervalech jsou organizovány společně.
Pořádání pravidelných konferencí je jedním z osvědčených prostředků, jak prohloubit vzájemnou informovanost o řešených projektech a rovněž k obsáhlejším diskusím o aktuálních problémech limnologie, směrech výzkumu a širším využití jeho výstupů. Také tradice těchto konferencí byla založena již v r. 1951 – jako konferencí hydrobiologických. Od sedmé hydrobiologické konference, která se konala v Bystřičce na Moravě v r. 1967 pokračují tato pravidelná tříletá setkání jako konference limnologické. Informačním prostředkem pro členy České limnologické společnosti jsou Limnologické noviny (dříve Zprávy ČSLS), které jsou vydávány 4× ročně.
V současné době má Česká limnologická společnost kolem 200 členů. Pro řešení specifické problematiky jsou při ČLS ustaveny odborné skupiny.